En 2006, les îles de Saint-Paul et Amsterdam sont incluses dans la Réserve Naturelle Nationale des Terres Australes Françaises. La réserve regroupe également les districts de Crozet et Kerguelen, constituant ainsi à ce jour la plus grande aire terrestre et marine protégée de France (672 969 km² dont environ 7 700 km² en milieu terrestre). En 2017, un nouvel arrêté institue un périmètre de protection autour de la RNN des TAF augmentant ainsila surface totale sous protection à 1 662 766 km².

Les Terres australes françaises abritent un patrimoine naturel exceptionnel et fragile. On y retrouve la diversité spécifique d’invertébrés et de plantes la plus importante des îles subantarctiques, et celle des oiseaux et mammifères marins figure parmi les plus riches de la planète. Faune et flore présentent des adaptations originales développées au cours de plusieurs millions d’années d’évolution dans un isolement extrême, à des milliers de kilomètres de tout continent. Site d’exception pour la conservation de l’avifaune mondiale, ces îles hébergent plus de 50 millions d’oiseaux issus de 47 espèces, dont 12 sont considérées comme menacées par la Liste rouge mondiale de l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN). Elles concentrent également de larges populations de pinnipèdes, dont la deuxième population mondiale d’Éléphant de mer du sud et la troisième population d’Otarie à fourrure subantarctique de la planète ; ou encore des cétacés comme le Dauphin de Commerson, sous-espèce endémique de Kerguelen.